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大量历史文献无可争辩地表明，钓鱼岛是中国的固有领土。明清两代有关钓鱼岛的文献为还原历史真相，廓清钓鱼岛主权归属提供了充分、确凿的历史依据。

目前所见最早记载钓鱼岛的史籍，是成书于1403年的《顺风相送·福建往琉球》（针路），其载：“……北风东涌开洋，用甲卯取彭家山。用甲卯及单卯取钓鱼屿。南风东涌放洋，用乙辰针取小琉球（今台湾）头，至彭家、花瓶屿在内。正南风梅花开洋，用乙辰针取小琉球。用单乙取钓鱼屿南边，用卯针取赤坎屿”。书中对钓鱼岛的名称做了十分清晰的记录，表明至少在14、15世纪中国人已经发现并命名了钓鱼岛。

在明代钓鱼岛纳入中国疆域版图，已成为既成事实。嘉靖十三年（1534），陈侃在《使琉球录》中完整记录了明朝册封琉球诸大使的航海经历。其载：“(嘉靖十三年五月)五日始发舟……九日隐隐见一小山,乃小琉球(今台湾)也。十日南风甚迅,舟行如飞……过平嘉山(今彭佳山),过钓鱼屿(今钓鱼岛),过黄毛屿(今黄尾屿),过赤屿(今赤尾屿),目不暇接,一昼夜兼三日之路程……十一日夕,见古米山,乃属琉球者。夷人歌舞于舟,喜达于家。夜行彻晓,风转而东,进寻退尺,失其故处。又竞一日,始至其山(即古米山)。有夷人驾船来问,夷通事与之语而去。十三日,风少助顺,即抵其国。”其中所谓“十一日夕, 见古米山, 乃属琉球者”, 以及“又竞一日, 始至其山……风少助顺, 即抵其国”的记述,清楚地指出了中琉疆域的分界：古米山属于琉球，而钓鱼岛在中国版图之内。

类似上述的记载在史料中屡见不鲜。嘉靖四十四年（1565年）成书的《日本一鉴》，由“奉使宣谕日本国”的郑舜功撰写。该书更加明确地记录了钓鱼岛列岛为中国台湾所属：“小东岛，即小琉球，彼云大惠国。”“小东”、“小琉球”、“大惠国”，即古代对台湾的称呼。“钓鱼屿，小东小屿也。”意即钓鱼屿是属台湾的小岛。《日本一鉴》是一部具有官方文书性质的史籍，它反映出明朝政府早已确认钓鱼岛是属于台湾的小岛群，而钓鱼岛归属中国版图也已确凿无疑。

尤其值得注意的是，在明代钓鱼岛纳入了海防范围，明朝政府对钓鱼岛实施了有效管辖。

嘉靖三十五年(1556年)福建总督胡宗宪幕僚郑若曾著《筹海图编》，其中《沿海山沙图》中不但记录了台湾、钓鱼岛、黄尾屿、赤尾屿等岛屿属于福建海防范围以内的情况，而且标明了这些岛屿的位置与统管区域。万历三十三年（1605年），吏部考功司徐必达根据《筹海图编》中的“万里海防图”重绘《乾坤一统海防全图》，图中钓鱼岛明确标明在中国海疆海防范围内。

天启元年(1621年)茅元仪《武备志》海防二《福建沿海山沙图》,明确把钓鱼山、黄毛山、赤屿绘入福建海防区域。此外，郑若曾《郑开阳杂著》卷一《万里海防图》福(建)七图、福(建)八图,施永图《武备秘书》卷二《福建防海图》等图籍,也都把钓鱼屿、黄毛山和赤屿绘入福建海防区域之内。

清代史籍中有大量有关钓鱼岛的记载。康熙二十二年（1683）清朝第二位册封使汪楫著《使琉球杂录》卷５中，记载了使节一行乘船从五虎门出发，经彭佳屿、钓鱼岛，第二天到达赤尾屿的航程。同时记录了途经钓鱼岛、赤尾屿后过沟祭海的情况。根据当时惯例，使节走出中国所辖属地时，在“黑水沟”一带要举行祭海仪式，以求保平安。有关“祭海”的记载还见诸于乾隆二十一年（1756年）册封副使周煌编撰的《琉球国志略》、嘉庆七年（1802）册封使李鼎元著《使琉球记》、嘉庆十三年（1808）册封使齐鲲著《续琉球国志》、康熙五十八年（1719）册封使徐葆光著《中山传信录》等等。这些文献均无一例外地记载，琉球海沟是清朝与琉球之间的分界，钓鱼岛列岛在中国疆界之内。

康熙六十一年（1722年），黄叔敬“以御史巡视台湾时所作”《台海使槎录》卷二《武备》列举了台湾所属各港口,不仅包括钓鱼岛，而且将钓鱼岛视为中国海防前沿要塞。类似记载还见于《重修台湾府志》、《续修台湾府志》、《台湾志略》等若干史书。

同治二年（1863），胡林翼、严树森等编绘的《皇朝一统舆图》用中文地名标出了钓鱼屿、黄尾屿、赤尾屿等岛名；而凡属日本或琉球的岛屿，皆注有日本地名。作者在跋文中特意注明，“名从主人，如属于四裔，要杂用其国家语”。这明白无误地说明钓鱼岛是中国的领土，与日本毫不相干。

此外，在地理结构上，钓鱼岛与我国台湾、澎湖、舟山群岛同在一个大陆架的自然延伸面上，尤其处于台湾大陆架平台上，而与日本辖下琉球群岛相隔两千多公尺深的海沟（即冲绳海槽）。从地质年代看，钓鱼岛和台湾在同一地质年代形成，而琉球群岛形成的地质年代稍晚一些。因此从地质地理学而言，钓鱼岛是台湾的附属岛屿。

综上所述，至晚从明朝开始，钓鱼岛就已不是“无主地”，尽管钓鱼岛长期无人居住，但无人岛绝不等于无主岛，而由中国明朝政府作为疆域的组成部分和海上防区确立了统治权。日本最早“发现”钓鱼岛，是在日本吞并琉球，将琉球国改为“冲绳县”之后的1884年，比中国文献记载发现该列岛至少晚了500余年。毫无疑问，钓鱼岛是中国的固有领土，中国自古以来拥有钓鱼岛主权，这一立场具有无可争辩的历史依据。